Филиалом обслуживаются судоходные водные пути протяженностью 273,4 км на Балхашском участке, и на Илийском участке 90 км. Судоходный путь на озере Балхаш делится на 3 участка:
2. Аралтобе - Каракум, протяженностью 94,8 км, обслуживается бригадой т/х «Сары - Арка», обставляется плавучими навигационными знаками и указывается береговыми навигационными знаками.
3. Балхаш - Мынарал, протяженностью 115 км, обслуживается бригадой т/х «Самал», обставляется плавучими навигационными знаками и указывается береговыми навигационными знаками.
Судоходный путь на Капшагайском водохранилище делится на 1 участок:
1. Капшагайское Водохранилище - «Зона Выклинивания» протяженностью 90 км, обслуживается бригадой т/х «№ 1» и т/х «Иртыш», обставляется плавучими навигационными знаками.